Stanley Martin Lieber sinh ra tại thành phố New York vào ngày 28/12/1922[5] trong 1 gia đình gốc Do Thái nhập cư từ Romania, là con trai của Jack Lieber và Celia.[6][7] Bố ông là thợ may quần áo, công việc không được ổn định cho lắm sau cuộc khủng hoảng kinh tế thế giới[6], và gia đình phải chuyển lên sống tại khu Washington Avenue[8], Washington Heights, Manhattan. Năm Lee gần 9 tuổi, mẹ ông sinh em trai là Larry Lieber. Ông nói vào năm 2006 rằng khi là 1 đứa trẻ ông đã bị ảnh hưởng rất nhiều bởi phim ảnh và sách truyện, đặc biệt là diễn viên Errol Flynn với những vai diễn anh hùng.[9]

Lee theo học tại trường trung học DeWitt Clinton.[10] Thời trẻ, ông rất thích viết và ông có ước mơ một ngày nào đó được viết ra những tác phẩm tuyệt vời.[11] Ông từng làm thêm những công việc là viết cáo phó cho một tờ báo; giao bánh sandwich; làm việc cho nhà máy may; chỉ chỗ ngồi tại nhà hát kịch... Ông tốt nghiệp trung học khá sớm, vào năm 16 tuổi.[12]